De style gothique, la construction de cette église débuta au XIIIème siècle, sur les plans de l’ancien couvent. Plusieurs fois remaniée, elle s’effondra à la suite d’un incendie lors de la Seconde Guerre Mondiale. Sa restauration demanda beaucoup de temps et reste encore inachevée.
La partie la mieux conservée reste, incontestablement, le portail en forme d’arc tréflé, ses colonnettes ainsi que sa Nef romane du XIIème siècle. Les éléments de décoration du chœur gothique du XIIIème siècle, tels que les sculptures des chapiteaux et la clef de voûte à l’effigie de Saint Jean-Baptiste, patron de la paroisse, sont d’une extrême finesse. Le chœur ogival a été classé Monument Historique en 1920. Située à la croisée du transept, la tour massive abrite un carillon.
L’Eglise possède aussi de magnifiques vitraux d’Art des Gobelins.
Le grand vitrail du fond de l’église, situé au dessus du portail, représente le baptême de notre Seigneur par Saint Jean-Baptiste. Douze vitraux représentent des faits de l’histoire religieuse de Bourbourg comme l’attentat contre la Statue de Notre Dame de Bourbourg en 1383, l’incendie de l’Eglise le 25 mai 1940 ou encore la Fondation de l’Hospice St Jean pour accueillir les pèlerins à Notre Dame de Bourbourg.
Il est possible de découvrir tous ces éléments lors d’une visite guidée.